Acho que está a fazer alguma confusão.
Em primeiro lugar, esta parte do código é indiferente se está ou não:
http://pastebin.com/7d9ma96R
Esteja como "none" ou "block", não possui qualquer impacto, já que está a referir-se a "#logo-theme a span", não a "#logo-theme a".
Pode testar isso mesmo no código que indiquei como correcto. Se apagar ou alterar essa parte, em nada afecta o final (para o que pretende).
Quanto ao "background", o que indicou inicialmente também está correcto. Deixo o exemplo (note que este possui as correções):
http://jsbin.com/gedici/1/edit?html,css,output
O erro está no facto de não possuir o display:block para o "#logo-theme a".
É impossivel que o código original que indicou esteja a funcionar correctamente no que pretende, visto que sem o display:block para o link (não para o span), introduzir o tamanho nada faz...
O CSS que importa é este:
http://pastebin.com/me95Mjpv
Este diz respeito ao link "#logo-theme a".
O "width" e "height" que ali estão não possuem qualquer efeito prático. Para alterar o tamanho do link, de acordo com as especificações do próprio CSS, DEVE incluir o "display:xxxx".
Sem esse, no link, nada se altera. Portanto é dai que refiro que é tecnicamente impossivel esse código ter funcionado no passado
Mas dito isto, já testou alterar o código original?
Edit: Atenção também que o código CSS original que indicou possuía o "#header-main". Como o HTML que indicou não o possuía, eu apaguei-o...
Edit 2 : Não estará a fazer confusão com o "span"? Também o pode alterar assim: http://jsbin.com/hoxegi/1/edit?html,css,output