A melhor opção depende daquela que realmente necessita...
Penso que o link anterior responde a muitas das questões que colocou na sua última mensagem. leia atentamente o primeiro ponto.
Em todo o caso, de forma resumida, a ferramenta de backup do windows permite criar a imagem do sistema ou o backup individual de ficheiros, pastas,etc..
A imagem do sistema será basicamente uma "foto" do mesmo. Tudo é guardado (sistema, programas, ficheiros,etc) num ficheiro e, caso vá restaurar essa imagem, o sistema irá ficar exatamente igual ao que tinha quando a imagem foi criada. Isto será útil para quando pretenda ter uma "salvaguarda" para voltar a um determinado estado rapidamente
O backup individual, como o nome indica, realiza o backup individual de ficheiros, pastas,etc. Veja esta opção como um "copiar" dos ficheiros para outra localização. Esta opção não é igual à da imagem do sistema, já que o realizado é a copia dos ficheiros para outro local, não a "fotografia" de tudo o que se encontra no sistema (registo, definições,etc).
Esta opção será mais recomendada para salvaguardar documentos importantes ou pastas especificas que considere importantes.
Obviamente, o tempo de criação do backup também é importante. A imagem do sistema irá demorar consideravelmente mais a ser criada do que o backup individual, já que está a guardar e comprimir tudo o que possui no sistema.
Quanto ao local correcto para guardar os ficheiros, este deve ser uma localização onde possa aceder caso o seu sistema principal falhe. Por exemplo, não adianta de nada realizar o backup de ficheiros para o disco em que o seu sistema se encontra, já que, em caso de falha, perde também os backups.
Uma boa localização será um disco secundário, seja interno ou externo, ou até serviços web (veja o caso do backblaze ou Crashplan).
Quando ao formato correcto para guardar a copia de segurança, deverá ser um que possua o espaço necessário para guardar os ficheiros. Por exemplo, provavelmente não irá conseguir criar uma imagem do sistema num DVD se possui vários documentos, programas, etc... O espaço simplesmente não será suficiente.
Por fim, quanto à sua questão, será indiferente qual a partição...
Desde que esteja organizado para si...