Possivelmente isso acontece mais quando se joga porque é quando existem maiores variações de temperatura. A gráfica é um dos componentes mais quentes do sistema, e claro, a jogar, puxas bastante pela gráfica.
A diferença de temperatura vai fazer com que o plástico se molde, levando a isso. Não é "anormal", mas pode acontecer, sobretudo em zonas do plástico onde esteja mais "solto" - por exemplo, se o portátil tiver um espaço vazio no interior, onde o plástico não esteja em contacto com nada.
Mas dito isto, parece-me que é algo perfeitamente normal. O sistema não está a dar estalidos "como pipocas", acontece de tempos a tempos - e possivelmente até o deves ter em outros materiais pela casa.
Se nada aponta para problemas, se o sistema está a correr normalmente e nada aponta falhas.... está tudo bem.
Se tens receio, a única coisa que podes fazer é abrir e ver. (atenção que se o portátil estiver dentro da garantia, abrir o mesmo vai violar isso, e perdes direito da mesma).