Antes de mais, utilize um "bom" antivírus, como o Avira ou Avast.
O antivírus da Microsoft está longe de ser considerado "bom" ou seguro (é um dos piores no mercado).
Dito isto, comece por realizar novamente a analise com um desses antivirus.
Se possível, realize a analise no arranque do sistema (o avast permite esta opção, o Avira penso que necessite de gravar uma pen para tal).
Execute também novamente o malwarebytes, e elimine tudo o que surja.
Agora, o aviso que refere é exatamente o que? Qual é o texto?
Verifique também a listagem de programas no arranque do sistema (Gestor de Tarefas > Arranque).