Existem vários guias pela Internet de como instalar o Windows.
Não é um processo complicado, mas se nunca o fez é normal que possa parecer muito "dificil" - mas não é.
O ficheiro de criação da pen faz tudo e diz tudo. Apenas precisa da pen (cerca de 8GB+), criar a mesma pelo programa e arrancar o sistema pela pen no novo PC. A partir dai a instalação deve começar praticamente de forma automática.