¯\_(ツ)_/¯
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Boas,
Antes de tudo, já verificou se os favoritos não estão sincronizados com a conta da Google?
Na maioria das vezes estão, e se tal for, basta ligar à conta.
Tecnicamente, os favoritos são guardados num ficheiro com o nome "Bookmarks" em %LOCALAPPDATA%\Google\Chrome\User Data\Default
No entanto, esse ficheiro apenas contem a informação para o Chrome "ler".
Se tiver uma versão antiga desse ficheiro, pode tentar alterar o mesmo na pasta anterior e recuperar os favoritos.
Se não, infelizmente não existe muita alternativa.
Cumps