Boas,
Pelas suas mensagens vejo um padrão que é importante sublinhar. 
Nem sempre um componente mais caro é indicativo de melhor qualidade ou desempenho.
Isto é um pouco geral mas quando novos modelos de algo chegam ao mercado, os preços são elevados. E com esta chegada, é normal que modelos mais antigos tenham alguma redução no preço.
Transpondo isso para componentes de um computador, é normal que encontre modelos mais recentes a preços muito superiores a outros que já possuem alguns meses.
Isso, no entanto, não quer dizer que esses componentes sejam superiores e, em suma, tudo depende da utilização pretendida. Existem muitos processadores de 200 euros que possuem o mesmo desempenho de outros a 100-150 euros, tirando uma ou outra funcionalidade que é provável nem utilizar.
O mesmo se aplica a nível da qualidade. Em exemplo geral, é capaz de encontrar muitos materiais da loja dos chineses que são capazes de durar mais do que outros de marcas com reputação no mercado. É um pouco subjectivo e depende do equipamento em questão.
Obviamente, é provável que equipamentos mais caros possuam uma qualidade superior em certos casos, mas isso não é uma "regra fixa".
Por fim, e tendo em conta as mensagens, aparenta possuir várias duvidas e sobre vários pontos que seriam muito longas para serem explicadas em detalhe aqui. Se realizar uma rápida pesquisa no Google certamente encontra a resposta a várias das suas questões.
Apesar de tentar ajudar, depois de ler rapidamente as suas mensagens aparenta possuir duvidas ou questões em quase tudo.
Não é que não pretenda ajudar, mas muitas das suas questões podem ser respondidas se realizar uma rápida pesquisa no Google e em poucos minutos, já que necessitariam de muito mais tempo para serem todas respondidas aqui.
Voltando à mensagem, um sistema de 6000 euros é algo de topo (e sendo sincero, um exagero que apenas alguns podem ter). Não faz sentido ter um sistema destes a menos que realmente o pretenda ou necessite.
Pelo orçamento que referiu (1500 euros) qualquer sistema razoável que construa atualmente irá ter um desempenho bastante superior ao seu antigo Macbook.
Indo pelos pontos para ser mais simples:
2- Note que irá sempre ter algum ruído, isso penso que saiba.
Obviamente, existem caixas que fornecem "extras", mas o mais importante será efectivamente os componentes, como os coolers.
No arrefecimento passivo, o que deve ter encontrado seria relativamente aos coolers, não às caixas directamente.
Se pretende uma utilização intensiva do sistema, os coolers passivos não são uma solução fiavel. Obviamente, estes são silenciosos, mas não possuem a mesma capacidade de arrefecimento dos restantes.
Existem dezenas de bons coolers no mercado. Não existe necessidade de investir uma nota negra num sistema de watercooling. Alias, existem alguns cooelrs baseados nos de watercooling que, apesar de não serem tão silenciosos como um kit watercooling, possuem quase a mesma capacidade de arrefecimento.
Quanto às ventoinhas, isso depende geralmente da ventoinha em questão, não do tamanho. O controlo da velocidade é um primeiro passo para poder controlar o ruído (e a maioria das ventoinhas suportam isso).
Por norma, ventoinhas mais pequenas possuem uma velocidade superior e, consequentemente, um ruido mais elevado. Mas não é uma "regra".
3- Lá está. Muitas vezes não se justifica o preço mais elevado apenas por meia dúzia de características que é provável de nem utilizar. Depende exatamente do orçamento e dos restantes componentes em geral. Mas não existe necessidade de pagar 300 euros por um processador quando outro de 200 euros faz o mesmo (apenas um exemplo).
4- Muitos componentes já vem preparados para que possa realizar overclock, mas este ainda necessita de ser feito por si. E necessita sempre dos conhecimentos para tal.
5- Note que a velocidade é apenas uma das características. Deve ainda ter em conta o GPU utilizado, e que é diferente entre a 970 e 980. Mas, neste caso, a diferença de desempenho entre a 970 e 980 não é muito notável (atenção que depende da utilização pretendida).
O que altera será a nível dos fabricantes e uma ou outra característica destes. Considero que o DirectCU é um bom sistema de arrefecimento. O "silencioso" é, no entanto, um pouco subjectivo.
O que este sistema têm de diferente é que o cooler encontra-se em contacto directo com o GPU, o que permite um melhor arrefecimento com menos utilização da ventoinha.
A ventoinha ainda lá se encontra presente, e é ruidosa em velocidades elevadas, mas o facto de puder arrefecer o GPU a velocidades mais reduzidas contribui para a redução geral do ruído.
6- A X99-DELUXE é ligeiramente superior a nível da relação qualidade/preço. Mas, a poupar, qualquer uma das que foi referida é aceitável. Tirando uma ou outra característica, são praticamente o mesmo modelo.
7- A sua questão está um pouco confusa..
No entanto, os discos SSD são mais adaptados para os programas que necesitem de tempos de leitura/escrita mais reduzidos. Um dos exemplos é o sistema operativo e alguns programas que utilize frequentemente.
Não compensa, por exemplo, instalar o Office no SSD, a menos que se preocupe com o facto do Office arrancar em 2 ou 3 segundos a menos que num disco regular.
Basicamente, servem para o sistema operativo e aplicações frequentemente utilizadas ou que necessitem de elevados volumes de escrita/leitura do disco.
Acho que não se deve preocupar com aspectos como a cache ou ficheiros temporários. Ninguem se preocupa com isso directamente.
São ficheiros irrisórios que quase nada afectam o desempenho directo (a nível do sistema) do disco para pior ou melhor.
Quanto à "vida útil" do disco, o que refere está correcto. Como são baseados em memorias Flash, possuem um ciclo de vida limitado às operações de escrita/leitura. Mas, sendo sincero, para a generalidade dos casos é um valor superior aos anos de vida que ainda possui pela frente, pelo que não me preocuparia muito nesse aspecto. 
8- Todas as questões que colocou são boas para serem colocadas no Google (em ingles para obter mais respostas)
Novamente, não é por não querer responder, mas existem milhares de resultados para essas questões na pesquisa e que explicam melhor do que eu iria estar aqui a escrever, basta perder uns minutos a procurar.
No entanto, em geral, isso depende da utilização que necessite exatamente.
9- A fonte e a base de qualquer sistema, pelo que recomendo que não aposte em fontes de 25 euros.
Certamente que marcas baratas não possuem a mesma qualidade geral do que outras mais conceituadas e outras fontes mais caras. Comepensa gastar 80-100 euros numa fonte de qualidade do que poupar para os 30 euros numa fonte barata e acabar por ter prejuízos futuro mais avultados.
Na maioria dos sistemas não utilizará mais do que 350-400 watts (e isto já a "puxar" um pouco dos valores). Obviamente, SLI ou crossfire necessitam de mais.
Uma fonte de 500-600 watts mantém uma boa margem de manobra para pequenos upgrades. Mas para algo como o SLI já necessitaria de algo próximo dos 800W, apenas para manter a mesma margem futura de upgrades noutros pontos.
10- 16GB será mais do que suficiente para qualquer sistema. Não faz sentido mais ram no aspecto domestico.
E o facto de ser 2x8GB ou 4X4G dependerá da motherboard...
11- Sinceramente, os cabos não seria algo com que me preocuparia. A menos que sejam da "loja dos 300", são aceitáveis.
Nem todas as caixas possuem as duas slots, mas em 90% dos casos devem possuir, pelo que não será algo a procupar-se.
Por fim, quanto à baia dos discos, necessita mesmo disso? Se fosse um servidor, ainda compensaria algo assim, agora para um sistema domestico não vejo qualquer utilidade em utilizar este tipo de baías para os discos (e somente iria elevar o preço da caixa desnecessariamente).
Para finalizar, recomendo que preencha isto: https://tugatech.com.pt/t15410-formulario-pedido-para-pc-s-completos
Assim será mais facil criar uma sugestão para o sistema final
Cumps
