Boas,
Vamos por partes.
O Ccleaner destina-se a remover ficheiros considerados como "lixo" do Windows. Por norma deverá ser seguro de utilizar, mas deve verificar atentamente tudo o que marca para "limpeza".
O que pode causar algum tipo de efeito secundário (nada que seja de muito grave) o próprio programa alerta para isso. O principal ponto onde deve ter atenção é na limpeza do registo. Realize um backup previo do registo, só para ter uma salvaguarda se necessário.
Depende também de cada configuração e sistema, mas acredito que em 90% dos computadores o Ccleaner não terá problemas se for bem utilizado.
Quanto às "passagens" que refere, estas não dizem respeito à eficácia da limpeza, mas sim ao número de vezes que um determinado ficheiro é sobrescrito, para impedir que possa ser recuperado.
Com as 35 passagens, quando remove um ficheiro do disco, o espaço onde esse ficheiro se encontrava é rescrito 35 vezes, de forma a garantir que nada desse espaço pode ser recuperado.
Obviamente, quantas mais passagens, mais tempo demora a concluir a limpeza.
Por norma, a menos que tenha ficheiros extremamente sensíveis e que não pretenda de todo recuperar ou seja um pouco "maluco pela privacidade", não necessita de selecionar esta opção (pelo menos nas 35 passagens).
Cumps