¯\_(ツ)_/¯
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Boas,
Depende sobretudo de onde os dados estão a ser guardados pelos programas/navegadores.
No caso de navegadores a maioria está na pasta do utilizador, pelo que deverá ser possível restaurar os mesmos sem perdas do que pretende...
No entanto, o método de backup que está a utilizar é algo rudimentar. Fazer o backup manual da pasta de utilizador não é totalmente correcto, visto que podem existir ficheiros que não vão ser copiados (por exemplo, algum ficheiro em utilização no momento do backup).
Sempre que possível deverá utilizar um programa de backup que realize a tarefa para uma localização externa (seja disco externo, pen usb ou até um serviço cloud).
Cumps