Boas,
Indo pelos pontos:
1- Essas partições são provavelmente do fabricante. Contem o sistema operativo original (de fabrica) e podem ser utilizadas para restaurar o sistema para algo "completamente" de origem. Se as remove ou não é consigo.
Eu pessoalmente costumo remover, pois quando quero reinstalar o sistema, basta ter comigo o disco do Windows ou, no caso do Windows 10, a própria Microsoft fornece o mesmo. Essas partições apenas ficam a ocupar espaço (e na maioria das vezes são de versões antigas do Windows, que nem compensa estar a perder tempo a restaurar).
De notar que estas não possuem qualquer relevância para o sistema que tenha instalado (isto, novamente, partindo que são partições de recuperação do fabricante). São apenas uma "medida de segurança" para quem possua poucos conhecimentos e pretenda restaurar tudo para o original.
2- Será a reinstalação do sistema, utilizando um DVD ou pen usb com o instalador do mesmo. Sobre a licença, o Windows 10 atribui a mesma ao seu sistema/conta Microsoft, portanto não deve ter problemas. Para algo mais detalhado: https://support.microsoft.com/pt-pt/help/12440/windows-10-activation
3- Quando cria o clone do disco, está a incluir todas as partições, a menos que não pretenda alguma (o programa deve permitir selecionar isso, mas alguns fazem o clone por inteiro do disco).
4- Imagem do disco e clone é a mesma coisa
Basicamente está a criar uma copia bit por bit do que está no disco, que depois é gravado no formato de um ficheiro ISO ou de algum formato proprietário do programa que utilize.
Independentemente disso, tenha em conta que é sempre importante realizar um backup dos dados importantes. Não é algo complicado, e não é para colocar "medo", mas há que prever todas as situações e estamos a falar de mexer no disco, portanto tudo pode acontecer.
É possivel que, se algo correr mal, a copia não seja bem feita e possa levar à perda de dados. Antes de tudo deve sempre realizar um backup dos dados importantes, para que caso algo corra terrivelmente mal, possa sempre restaurar algum do conteúdo sem grandes perdas.
Cumps