Eu não recomendo que realize mudanças no sistema sem saber exatamente o que está a realizar.
Vamos por partes:
Se não sabe o que é o "root" do Android, ou não aplicou manualmente isso, então provavelmente não tem de se preocupar com isso. A aplicação que referi serve unicamente para verificar se possui root ou não no seu dispositivo. Não faz mais nada para além disso, e não corrige nada.
Alias, se está a indicar essa mensagem no Root Checker, então quer dizer que o "root" não está aplicado no seu sistema. Não quer dizer que está "mal aplicado", mas que não está de todo - o que será bom neste caso, porque a aplicação não funciona com o root ativo.
ou seja, se não possui root, então a mensagem de erro que recebeu dessa aplicação pode ser apenas um "falso erro", possivelmente causado porque a app está desenvolvida para uma versão mais recente do sistema.
Basicamente, o root é considerado o "Administrador" no Android, e permite o acesso administrativo a partes internas do sistema que, normalmente, não estariam acessíveis. isto permite um maior controlo sobre o sistema Android, mas ao mesmo tempo também reduz consideravelmente a segurança do sistema - qualquer malware pode modificar ficheiros importantes ou aceder a dados internos do sistema operativo/apps.
Algumas aplicações verificam primeiro se possui root para evitar esses acessos - e possíveis roubos de dados. Sem root, não existe forma de aceder a esses dados, sendo portanto mais seguro.
Ou seja, o sistema vai estar mais seguro sem acesso root.