Boas,
No skype quando estou em conversa de voz com um amigo, ele mesmo estando com os fones eu consigo ouvir tudos os sons que ele faz no pc dele, ate aqueles barulhos de que alguns lembretes fazem na barra de notificações..

Alguem sabe-me dizer o que ele deve fazer para isso nao acontecer?

Cumps

Boas,

Esse problema não é da sua parte, mas do seu amigo.
Possivelmente estará a utilizar como meio de gravação/microfone a "Mistura Estéreo", que grava sons do microfone e qualquer outro que seja proveniente do sistema.

Sim, eu sei que o problema é da parte dele. Mas como ele pode mudar isso?

Deverá verificar nas definições do skype qual o dispositivo que se encontra na gravação.
Caso esteja o mistura estéreo deverá alterar para outro, normalmente "Microfone".

Ele diz que esta em Microfone ..

Nesse caso poderá ser das definições do Windows.
Verifique nas Propriedades do Som, aba "Gravação", qual o dispositivo predefinido.