Apesar de ser relativamente seguro, deve ter em atenção o que seleciona, pois podem ser perdidas algumas definições ou opções, dependendo do programa.
Se não possui conhecimento do que cada uma das opções faz, o melhor é não marcar.
Quanto à opção "Windows Disk Cleanup" esta utiliza a opção de limpeza embutida no Windows (digamos que é uma forma segura de efectuar a limpeza, mas não efectua a limpeza que o programa faz)