Boas,
Alterar o disco é possível em praticamente todos os portáteis, portanto não deverá ter problemas nesse aspeto, mesmo sendo HDD/SSD.
Relativamente a manter o segundo disco, tecnicamente é possível. Existem algumas baias SATA que podem ser colocadas invés do leitor de DVDs. Por exemplo: http://www.amazon.com/Protronix-Optical-Drive-Universal-12-7mm/dp/B004XIU4T2
No entanto, além de ser difícil de encontrar em lojas nacionais (a menos que não se importe de comprar online), deve ter atenção que a baia deve ser correspondente ao modelo do seu portatil.
Por fim, relativamente à transferência dos dados, também é possível:
http://www.easeus.com/disk-copy/index.htm
Mas, para manter tudo "limpo", eu recomendaria realizar apenas o backup do que é realmente necessário e instalar o Windows de raiz. Assim fica livre de potenciais problemas. 
Cumps