A melhor escolha a nível de processadores varia consoante o modelo. Tanto pode ser um como outro, dependendo de como esteja a comparar.
Mas, indo por partes, com o formato mini-itx está limitado a um leque restrito de componentes (principalmente motherboards). Ou seja, se pretender realizar o upgrade futuro, por alguma razão, estará bastante limitado, assim como na escolha que agora pretende efectuar.
Em seguida, os preços de uma motherboards mini-itx são praticamente comparáveis a uma Micro-ATX (por exemplo). E como possui um leque muito maior de motherboards Micro-ATX será bastante mais facil encontrar uma boa motherboard e, potencialmente, com um preço inferior ao de uma mini itx.
Por fim, a caixa que refere é limitativa. Mesmo que pretenda comprar agora uma Mini-itx, fica sempre limitado a esse formato no futuro. Tendo em conta, por exemplo, uma caixa destinada a media-centers, sempre poderia utilizar esse formato mas também outros...
Dentro do orçamento de 100 euros, poderia poupar facilmente ao comprar uma boa motherboards Micro-ATX juntamente com um bom processador, invés de investir tudo apenas na motherboard.
Sim, é certo que existem também motherboards mini-itx a bons preços, mas como o leque de disponibilidade é menor, fica sempre limitado.
Por fim, o desempenho não é um factor chave neste caso, mas se pode ter mais opções de escolha e de mais componentes (potencialmente com melhores características e melhores desempenhos), mais opções para upgrades futuros e dentro do mesmo preço que iria pagar por um sistema baseado em mini-itx, acho que não compensa o gasto neste...
Mas, nisto tudo, obviamente que depende de si.