Não é que a funcionalidade de recuperação do cPanel seja "insegura".
A questão é mais no lado de potencialmente levar a que se possa comprometer ainda mais informação em caso de contas comprometidas.
Por exemplo, vamos supor que uma conta de email de cliente é comprometida. Os atacantes podem facilmente descobrir o servidor onde se encontra, e tentar realizar a recuperação da senha da conta do cPanel. Se o email for idêntico, vão ganhar acesso a partir dai.
Aqui está mais a questão de evitar o roubo de ainda mais informação, e não propriamente de a funcionalidade em si ser insegura.
honestamente, a melhor forma de se garantir a segurança é permitir a recuperação da senha do cPanel pelo administrador do servidor. E no caso dos emails, a alteração é feita diretamente do cPanel, portanto... se os clientes perderem a senha do cPanel, apenas necessitam de requerer uma nova e depois podem ser eles mesmos a "recuperar" as senhas dos emails.
Existem clientes de email dedicados, como o OpenX, mas isso não é diretamente integrado no cPanel.